آیت الله سیّد محمد نجفی در سال هزار و دویست و پنجاه و هفت شمسی در نجف اشرف به دنیا آمد. ایشان از نوادگان امام حسین (ع) و از سلاسه پاک پیامبر اسلام می باشند. زندگی معنوی و روحانی و جاوید وی همیشه در قلب عاشقان و مریدانش جا دارد و هرگز فراموش نمی‌شود. روح بزرگوار و مقام معنوی وی واسطه برآوردن حاجات نیازمندان و متوسلین بسیاری در درگاه الهی بوده است. ایشان دروس ابتدایی و سطح را نزد پدر بزرگوارش مرحوم آیت الله سید حسین حسینی بادکوبه ای که خود از استادان بزرگ و نامی در حوزه علمیه نجف اشرف بودند، فرا گرفت. آقا سید محمد تا سن سی سالگی در نجف اشرف اقامت داشت سپس به ایران مهاجرت کرده و در بندرانزلی ساکن شدند و درطول حیات پربارش در این شهر به تدریس علوم حوزوی و تبلیغ امور دینی پرداختند. آیت الله میلانی یکی از شخصیت‌‌های بزرگ حوزه‌‌های علمیه در کشور درباره شخصیت منحصر به فرد آقا سید محمد نجفی می‌فرمودند: آیت الله سید محمد نجفی در صورت اقامت در قم در ردیف مراجع بزرگ تقلید مطرح می‌شدند. سیّد محمد نجفی که در نهایت زهد و سادگی و تواضع در بندر انزلی زندگی می‌کرد، سرانجام در روز شانزدهم مهرماه سال هزار و سیصد و پنجاه و هشت در سن هشتاد و دو سالگی دعوت حق را لبیک گفته و به دیار باقی شتافتند. پیکر مطهر ایشان در مسجد "سامانسر" غازیان انزلی که بعد‌‌ها به نام خود وی تغییر نام یافت به خاک سپرده شد.