خانه طباطبایی مانند دیگر بناهای تاریخی آن زمان از اصالت معماری و طراحی متناسب با فرهنگ و اقلیم خاص منطقه و تزئینات مجلل و باشکوهی برخوردار است. همین که به درون هشتی این خانه‌ی باشکوه پا می‌گذارید، نسیمی خنک و مطبوع، صورت‌تان را نوازش خواهد کرد و شما را به درون خانه خواهد کشاند. از راه پله پیش رویتان ۲۰ پله‌ای که پایین بروید، به حیاط زیبا و وسیع خانه می‌رسید. حیاطی که زیبایی خیره کننده‌اش لحظه‌ای شما را بر جای خود میخکوب می‌کند. حوض زیبا و بزرگی از یک سو تا سوی دیگر حیاط کشیده شده و ماهیان قرمز درون آب زلال آن یکدیگر را دنبال می‌کنند. در ۲ سوی حوض بزرگ، ۶ باغچه هشت ضلعی پر از گل‌های زیبا، طراوت حیاط را صدچندان می‌کند.این خانه در نزدیکی خانه تاریخی بروجردی و در جوار بقعه مبارکه امامزاده سلطان امیر احمد (این بقعه نیز از آثار هنری قرن نهم و دهم است) واقع شده و به خاطر اینکه سنگ بنای این خانه را شخصی به نام «حاج سید جعفر طباطبایی نطنزی» بنا نهاده، به خانه طباطبایی موسوم و مشهور شده است. مجموعه خانه طباطبایی‌ها مشتمل بر ۳ بخش اندرونی بیرونی و بخش مخصوص خدمه است. مجموعه خانه تاریخی طباطبایی‌ها با ۴۷۰۰ مترمربع وسعت دارای ۴۰ اتاق، ۴ حیاط، ۴ سرداب (زیرزمین)، ۳ بادگیر و ۲ رشته قنات است. معماری خانه طباطبایی‌ها به شیوه معماری حجاب‌دار و گودال‌باغچه، متقارن و درون‌گرا است. معماری گودال‌باغچه یعنی باغچه‌ی خانه در گودی قرار گرفته است. بدین ترتیب بنا هم از نظر استحکام و مقابله با زلزله مقاوم می‌شود و هم آن که آبرسانی به بنا را تسهیل می‌کند؛ در ضمن از رطوبت بنا هم برای رشد گیاهان استفاده می‌شود. وقتی بنا در دل خاک باشد (یعنی به‌صورت گودال باغچه ساخته شود) خانه در عایق حرارتی هم قرار دارد. نه خانه زود گرم و نه زود سرد می‌شود.

این خانه مشتمل بر چهار صحن و حیاط می‌شود که حیاط مرکزی متعلق به قسمت بیرونی و دو حیاط متعلق به اندرونی و یک حیاط متعلق به خدمه بوده است. قسمت اندرونی خانه شامل اتاق پنج دری ساده در مرکز و دو حیاط در دو طرف آن و دارای سرداب‌هایی که بادگیر ها هوا را در آن جریان می‌دهند که این قسمت محل سکونت خانواده مرحوم طباطبایی بوده است. حیاط ضلع شمال غربی بزرگتر و تعداد اتاق‌های آن بیشتر و دارای سرسرای پذیرایی مجزایی است. در زیر قسمت اندرونی مخصوصا اتاق مرکزی، سرداب بزرگی قرار دارد که دارای مشخصات منحصربه‌فرد خود است و به علل مختلفی مانند وجود بادگیر، سقف ضربی، نوع مصالح به کار رفته در بدنه، دو جداره بودن بدنه، وجود حوضی که قبلا در مرکز سرداب بوده، اختلاف ارتفاع با سطح کوچه حدود ۸ تا ۱۰ متر و نسیم خنکی که از سطح حوض حیاط مرکزی وارد زیر زمین می‌شود، باعث شده است تا به خصوص در فصل تابستان ۱۵ تا ۲۰ درجه اختلاف دما بین زیرزمین و بیرون آن مشاهده شود.قسمت بیرونی خانه شامل تالار بزرگ (اتاق شاه نشین) در مرکز با نورگیرها و پنجره‌های مشبک رنگی و پنجره‌های کناری دو جداره که عمودی باز و بسته می‌شوند. این اتاق دارای تزیینات نقاشی و آیینه‌کاری و گچ‌بری‌های جالب از جمله پنجره‌های مشبک گچی است که همچون پارچه توری ظریفی به نظر می‌رسد. در دو طرف اتاق شاه‌نشین اتاق‌های گوشواره بنا شده است. در جلوی اتاق شاه‌نشین، ایوانی با آیینه‌کاری و گچ‌بری‌های جالب دیده می‌شود. در طرفین تالار بزرگ دو حیاط خلوت و نورگیر به‌صورت قرینه یکدیگر احداث شده است که دارای تابلو‌های بدیع نقاشی هستند و از نفایس آثار هنری این دیار به‌شمار می‌آیند. اسناد و قراین نشان می‌دهد که هنرمند بزرگ و نقاش باشی دربار ناصرالدین شاه قاجار یعنی «میرزا ابوالحسن غفاری کاشانی» ملقب به «صنیع الملک» با مالک خانه دوستی نزدیک و مراوده خانوادگی داشته، لذا به احترام دوستی که با مرحوم طباطبایی داشته، در اجرای گچ‌بری‌ها و ترسیم نقاشی‌های این خانه نظارت داشته است و این مطلب ارزش و اعتبار تزیینات خانه طباطبایی را بسیار افزایش می‌دهد.