مهم‌ترین ویژگی هنری خانه تاریخی پیرنیا نقاشی‌های دیواری و گچبری‌های بسیار زیبای آن در ایوان شاه‌نشین، اتاق تشریفات و اتاق مخصوص حاکم است.

خانه پیرنیا یکی از یادگارهای ارزشمند معماری دوران صفویه و نمونه شاخصی از مساکن سنتی نائین است. این بنا که الگوی مهم معماری و هنری خانه‌های تاریخی در منطقه کویر است و از اجزاء مختلفی از جمله ورودی، دالان‌های متعدد، هشتی، غلام‌گردش، ایوان شاه‌نشین، اتاق نشیمن، گودال باغچه، باغ و بخش‌های مختلف دیگر تشکیل شده است. خانه پیرنیا از مجموعه خانه‌های متعددی تشکیل می‌شده است که هرکدام کاربردی متفاوت داشته‌اند.

ترکیب تزئینات معماری، گچبری و نقاشی‌ها، زیبایی غیرقابل وصفی را پدید آورده است. از دیگر تزئینات این بنا می‌توان به تزئینات معماری کاربندی‌ها، یزدی‌بندی‌ها و رسمی‌بندی‌ها اشاره نمود. در نقاشی‌های موجود در قسمت‌های مختلف این بنا؛ نقوش گیاهی، هندسی، گل و مرغ، اژدها و حیوانات مختلف را می‌توان مشاهده کرد. موزه‌ی مردم‌شناسی نائین که در خانه تاریخی پیرنیا واقع شده است، دارای ۱۰ فضای نمایش اشیاء با موضوع مردم‌شناسی است.

۱- بخش ورودی شامل نمونه‌هایی از پوشش گیاهی و گیاهان دارویی.

۲- هشتی ورودی (محل بلیت‌فروشی) شامل وسایل مربوط به اسب و کشاورزی، انواع کلید و نمونه‌هایی از کلون در و انواع قاشق و ملاقه.

۳- راهروی بزرگ ورودی با نام سالن روشنایی و سفال لعاب‌دار، شامل انواع وسایل روشنایی، کاسه و کاشی لعاب‌دار.

۴- هشتی ورودی به حیاط موزه شامل انواع ظروف آبخوری.

۵- سالن اسلحه و ادوات جنگی.

۶- سالن ظروف فلزی.

۷- سالن پوشاک شامل پوشاک زنانه قاجار و پوشاک مردانه قاجار.

۸- راهروی ورودی به عبابافی (مربوط به ابزار گلیم‌بافی و عبابافی و ظروف سفال لعاب‌دار).

۹- اتاق کرسی با چهار مجسمه مومی شامل یک مرد، دو زن و یک پسربچه که با پوشاک زمان قاجار و لوازم روزمره زندگی زینت یافته است.

۱۰- سالن عبابافی که با یک مجسمه مومی پشت دستگاه عبابافی و یک دستگاه که عملاً بافت عبا را به نمایش می‌گذارد.

 گچبری‌های خانه پیرنیا شامل قاب‌های متعددی بوده و داستان‌های هفت‌پیکر نظامی شامل: داستان‌های خسرو و شیرین، یوسف و زلیخا،‌ صحنه‌های شکارگاه، داستان‌های عاشقانه و خیال را به نمایش گذاشته است.

یکی از بخش‌های مهم این بنا وجود فضای گودال باغچه در مرکز حیاط است که به‌ عنوان تابستان‌نشین خانه و برای دسترسی به آب قنات حفر شده است.

در حال حاضر بیش از یک هزار شیء تاریخی و قدیمی در موزه مردم‌شناسی کویر نائین نگهداری می‌شود. گردشگران در موزه مردم‌شناسی کویر نائین می‌توانند با فرهنگ مردم کویر، زندگی کویری، وسایل کشاورزی، ادوات و وسایل نظامی، پوشاک، صنایع و هنرهای سنتی و آداب‌ و رسوم مردم بومی منطقه آشنا شوند.

کوزه‌های قدیمی و کتیبه‌های چوبی از دوره ایلخانی، زیلوی قدیمی با قدمت ۴۰۰ سال متعلق به دوره صفوی و درب چوبی دو جداره قدیمی با قدمت بیش از ۳۰۰ سال از جمله آثار تاریخی مهم این موزه است.

اشیای قدیمی دیگری مانند: پیه‌سوز، وسایل روشنایی، کوزه، سینی برنجی، سماور برنجی، جلد تپانچه و باروت‌دان چرمی متعلق به دوره‌های قاجار و صفوی و دیگر وسایل قدیمی و تاریخی در این موزه در معرض دید علاقه‌مندان قرار دارد.

برپایی فروشگاه صنایع‌دستی و اجرای برنامه مشاعره در خانه پیرنیا ازجمله برنامه‌های این اداره در ایام نوروز در این موزه تاریخی و قدیمی است. اشیاء موزه پیرنیا شامل وسایل کشاورزی، ادوات و وسایل نظامی، پوشاک، صنایع‌دستی، هنرهای سنتی و نشان‌دهنده آداب‌ و رسوم و اعتقادات مردمان بومی منطقه است. فضاهای اصیل مساکن سنتی موجود در خانه بیانگر سکونت مردمی است که از قدیم اهل فضل و هنر بوده‌اند. این خانه در سال ۱۳۴۹  توسط فرهنگ و هنر خریداری و پس از انجام مرمت‌های مورد نیاز بنا، در اسفند ۱۳۷۳ به موزه مردم‌شناسی کویر نائین تبدیل گردید که در آن مردم از طریق اشیاء، لوازم و وسایلی که در جای‌جای فضاهای خانه و ویترین‌ها قرار گرفته با فرهنگ مردمان کویر آشنا می‌گردند.